Swiftが最高処理能力の単細胞メチル化シーケンス・ライブラリー調整メソッドを発表

Swift Biosciences

2017/8/14 12:00

Swiftが最高処理能力の単細胞メチル化シーケンス・ライブラリー調整メソッドを発表

AsiaNet 69618 (1197)

【アナーバー(米ミシガン州)2017年8月11日PR Newswire=共同通信JBN】

*Science誌に掲載された研究は、細胞の多様化をもたらす亜型と調節エレメントをエピジェネティックマーカー(後成遺伝子マーカー)が特定するやり方を提示

次世代シーケンシング(NGS)に向けた革新的ライブラリー調整ソリューションの大手プロバイダー、Swift Biosciencesは11日、Accel-NGS(R) Adaptase(TM)技術(https://swiftbiosci.com/products/accel-ngs-methyl-seq-dna-library-kit/accel-ngs-adaptase-module/ )に基づく新しい単細胞メチル化シーケンス・メソッドを発表した。単細胞解明の全ゲノム・バイサルファイト・シーケンシングに効果的かつ頑強なNGS調整ソリューションである。この新メソッドは、不均質組織の細胞多数のさまざまなメチル化領域の効果的な分析を可能にする一方、細胞分類、正常組織の細胞メカニズム調節、病態のエピジェネティック(後成)変化、エピゲノム調節の進化的保存性などのアプリケーションにも対応する。

メチル化は安定した生体指標(バイオマーカー)で、細胞機能をもたらす細胞型と調節エレメントの特定に利用できる。単細胞RNA(リボ核酸)発現の研究を加えれば、単細胞メチル化は調整エレメントを解明し、個別細胞と細胞間相違の特異な発現プロファイルを制御することが可能になる。また、最近の臨床研究は、がんのような疾病のメチル化パターンを明らかにしている。それは腫瘍の型を特定、液体細胞診の腫瘍組織量を算定し、疾患の進行、予後、薬物反応を関連付ける。

このメソッドは、カリフォルニア大学サンディエゴ校ソーク研究所とSwift Biosciencesの協力者による最近のScience誌論文「Single Cell Methylomes Identify Neuronal Subtypes and Regulatory Elements in Mammalian Cortex」(http://science.sciencemag.org/content/357/6351/600 )に記述されている。そのワークフローは、蛍光活性化セルソーティング・ベースの分離、バイサルファイト処理、SwiftのAccel-NGS Adaptaseモジュールをほかの市販成分と組み合わせている。公表された成果は、ほかのメソッドに比べてリードマッピング率を2倍以上引き上げ、総コストを引き下げながら、シーケンシング実行のデータ出力を大幅に向上させることを示している。

Swift Biosciencesの社長兼最高経営責任者(CEO)で論文共著者のティモシー・ハーキンズ氏は「これはSwiftの技術が科学の境界を押し広げる多くの科学的協力の1つである。われわれは基礎的な細胞過程、それが精密医療にもたらす将来の大きな影響をめぐる新たな見識に興奮している」と語った。

研究開発の責任者で論文の共著者、ローリー・クリハラ博士は「特許のある当社のAdaptase技術は、低入力の1本鎖DNAから極めて複雑なNGSライブラリーを構築する。われわれの単細胞ワークフローはほかのメソッドより手順が少ないが、多重の単細胞過程を与え、ハイスループット(高処理能力)アプリケーションにより大きい生産性を提供する」と語った。

Accel-NGS Adaptaseモジュールは現在、市販されている。

ソース:Swift Biosciences

▽問い合わせ先

Darby Wagner, Lambert, Edwards & Associates

+1-616-258-5779

dwagner@lambert-edwards.com

Swift Announces the Highest Throughput Single-Cell Methyl-Seq Library Preparation Method

PR69618

ANN ARBOR, Mich., Aug. 11, 2017 /PRNewswire=KYODO JBN/ --

- Study published in Science magazine demonstrates how epigenetic markers can

identify cell subtypes and regulatory elements that drive cellular diversity

Swift Biosciences, a leading provider of innovative library prep solutions for

next-generation sequencing (NGS), today announced the launch of a new

single-cell methylation sequencing method based on its Accel-NGS(R)

Adaptase(TM) technology (

https://swiftbiosci.com/products/accel-ngs-methyl-seq-dna-library-kit/accel-ngs-adaptase-module/

), an efficient and robust NGS-prep solution for whole-genome bisulfite

sequencing at single-cell resolution. This new method enables the efficient

analysis of different methylated regions across thousands of cells from

heterogeneous tissues, while also addressing applications, such as cell

classification, regulation of cellular mechanisms in normal tissue, epigenetic

alterations in disease states and evolutionary conservation of epigenomic

regulation.

Methylation is a stable biomarker that can be used to identify cell types and

the regulatory elements underlying cell function. When coupled with single-cell

RNA expression studies, single-cell methylation can elucidate the regulatory

elements, in turn controlling the unique expression profiles of individual

cells and differences between cells. Additionally, recent clinical studies have

uncovered methylation patterns in diseases—such as cancer—which identify tumor

type, assess tumor burden in liquid biopsies, and correlate with disease

progression, prognosis and drug response.

This method was recently described in the Science paper entitled "Single Cell

Methylomes Identify Neuronal Subtypes and Regulatory Elements in Mammalian

Cortex" (http://science.sciencemag.org/content/357/6351/600 ) by collaborators

at the Salk Institute, University of California San Diego and Swift

Biosciences. The workflow combines fluorescence-activated cell sorting-based

isolation, bisulfite conversion and Swift's Accel-NGS Adaptase module with

other commercially available components. The published results demonstrated a

greater than two-fold increase in read-mapping rates as compared to other

methods; thereby, significantly improving the data output per sequencing run

while reducing the overall cost.

"This is one of many scientific collaboration in which Swift technologies is

pushing the boundaries of science," said Timothy Harkins, president and CEO of

Swift Biosciences and co-author on the paper. "We are excited about new

insights into basic cellular processes, and the profound, future impact it will

have on precision medicine."

"Our proprietary Adaptase technology constructs high-complexity NGS libraries

from low-input, single-stranded DNA," said Laurie Kurihara, PhD, senior

director of research and development and co-author on the paper. "Our

single-cell workflow has fewer steps than other methods and offers multiplexed,

single-cell processing to provide greater productivity for high-throughput

applications."

The Accel-NGS Adaptase Module is now commercially available.

SOURCE  Swift Biosciences

CONTACT: Darby Wagner, Lambert, Edwards & Associates, +1-616-258-5779,

dwagner@lambert-edwards.com  

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