マクロジェンがEdico GenomeのDRAGENプロセッサーを採用 大規模ゲノム分析と臨床シーケンス解析サービスを加速

Edico Genome

2016/1/12 13:50

マクロジェンがEdico GenomeのDRAGENプロセッサーを採用 大規模ゲノム分析と臨床シーケンス解析サービスを加速

AsiaNet 63045(0032)

【ソウル(韓国)、サンディエゴ(米カリフォルニア州)2016年1月11日PR Newswire=共同通信JBN】世界的なゲノムシーケンス解析サービス大手、マクロジェン(Macrogen、http://www.macrogen.com/eng/ )とEdico Genomeは11日、マクロジェンが大規模ゲノム解析と臨床シーケンス解析サービス向けにビッグデータのプロセシング・解析機能を強化するため、DRAGEN(TM)バイオITマルチプロセッサー(http://www.edicogenome.com/dragen/ )を選定したと発表した。マクロジェンは、イルミナのHiSeq(TM)X Ten、HiSeq 2000、HiSeq 2500、HiSeq 4000、およびMiSeq(R)シーケンス解析システム、サーモフィッシャーのIon PGM(TM)およびIon Proton(TM)システム、ロシュのGS-FLXシステム、PacBioの機器に実装された国際レベルの次世代シーケンス解析(NGS)設備を抱えている。マクロジェンのITインフラストラクチャー性能は11ペタバイトを超えるストレージ、3000以上のコアクラスターを含む。マクロジェンはDRAGENを利用して高い感度と特異度を維持しつつ、HiSeq X Tenシーケンス解析システムがつくる各ゲノム(30xカバレッジ)をわずか26分で解析することができる。この解析はシーケンス機器が生み出すBCLファイルの転換からバリアントコールフォーマット(VCF)まで及ぶ。

Logo - http://photos.prnewswire.com/prnh/20140716/127788

マクロジェンは、Xゲノム(Xpressway to Genome)としても知られるHiSeq X Tenプラットフォームベースの大規模なヒトゲノムのシーケンス解析などさまざまなゲノム解析サービスを提供している。マクロジェンの子会社、Macrogen Corp(USA)は現在、CLIA認定の臨床研究所を通じて、医師と患者に臨床シーケンス解析ベースのヘルスケアサービスを提供している。マクロジェンはさらに、Asian Genome Projectと国際ゲノムネットワークから得たゲノムビッグデータを使って、ヘルスケア情報・コンテンツ事業の開始も計画している。

マクロジェンの会長兼創設者、ソ・ジョンソン博士は「われわれには1日当たり500ギガバイト以上のNGSデータを生み出す能力があり、このビッグデータ解析の加速のおかげでわれわれはNGS設備を最大限運用し、顧客満足度をさらに増大させることが可能である。いくつかのデータ解析オプションを評価して、われわれは時間を大幅に節約できるDRAGENの能力を発見した。それはインフラコストを削減して高精度を維持すると同時に、個人化医療とゲノム研究の前進を目指す顧客に最高のソリューションになる」と語った。

DRAGENは、NGSデータ解析用に設計された世界初のプロセッサーである。このプロセッサーはPCIeカードに組み込まれ、構成済みサーバーとしても入手可能で、バイオインフォマティク・ワークフローに完全一体化できる。

Edico Genome最高経営責任者(CEO)のピーター・ファンルーエン博士(https://www.youtube.com/watch?v=aAUzg5Hzigw )は「世界有数のシーケンス解析センター、および1000ドルのゲノムを提供する商業組織としてとして、マクロジェンはゲノミクスの真のリーダーであり、最先端テクノロジーを顧客に提供し続ける。DRAGENはハイスループットのシーケンス解析機器によって高コスト効率、高精度かつ迅速に生まれるビッグデータをプロセスするように設計されており、マルチサイトでDRAGENを実装し、バイオITプロセッサーが世界1万7000の顧客に利益をもたらすマクロジェンとの協力に期待している」と語った。

DRAGENは最近、ヒトゲノムのシーケンス解析を使い、99.5%という高い精度と特異性を達成しつつ、重体の新生児に対し26時間という記録破りの診断を実施することができた。その結果はGenome Medicine 誌(http://www.genomemedicine.com/content/7/1/100 )に掲載されている。それ以来、DRAGENのゲノムパイプラインはBCLからバリアントコールフォーマットまでヒトゲノム解析をわずか26分に加速した。

DRAGENは、フィールドプログラマブル・ゲートアレイ(FPGA)を利用して、BCLの転換、圧縮、解読、配置、分類、複製マーキング、ハプロタイプ・バリアントコールなどゲノムパイプライン・アルゴリズムのハードウエア加速実装を提供する高度な再構成が可能である。柔軟なDRAGENプラットフォームによってEdicoはカスタムアルゴリズムを開発し、従来のパイプラインを洗練、改善する。顧客向けのアップデート版は容易なリモートダウンロードで入手可能である。

▽マクロジェンについて

韓国のソウルに本社を置くマクロジェン(Macrogen, Inc.、http://www.macrogen.com )は高品質遺伝子解析の世界の大手サービスプロバイダーであり、1997年以来堅調な成長を享受している。同社の多様なポートフォリオは、DNAシーケンス解析、次世代シーケンス解析、マイクロアレイ解析、オリゴヌクレオチド合成、遺伝子組み換えマウスに及ぶ。マクロジェンはまた、事業範囲を分子診断学、消費者ゲノミクスなど他分野にも拡大している。マクロジェンは米国子会社を通じてロックビル、ニューヨーク、ケンブリッジ、欧州のオランダ、日本の東京に国際展開し、韓国の証券市場KOSDAQに上場している(ティッカーシンボル:A038290)。

▽Edico Genomeについて

Edico Genomeは、次世代シーケンスデータ解析用に設計された世界初のバイオインフォマティクプロセッサー、DRAGEN(TM)(http://www.edicogenome.com/dragen/dragen-bio-it-platform/ )を開発した。次世代シーケンスデータ解析の利用は従来にないペースで伸びており、このビッグデータを迅速かつ正確にプロセスするテクノロジーのニーズを生み出した。Edico Genomeのコンピュータープラットフォームは高精度を維持、コストを削減しながら、ゲノムデータ解析全体にかかる「時間」を「分」に短縮し、臨床医や研究者のより速い回答明示を可能にしている。詳しい情報は以下を参照。

www.EdicoGenome.com

@EdicoGenome

ソース:Edico Genome

▽問い合わせ先

JinSoo Yang, Macrogen, General Manager of Corporate Communication

+82-2-2113-7034

jasonyang@macrogen.com

Gavin Stone, Edico Genome, Vice President of Marketing

(858) 699-1212

gavins@edicogenome.com

Monica May for Edico Genome, Canale Communications

(619) 849-5383

monica@canalecomm.com

Macrogen Deploys Multiple DRAGEN Processors from Edico Genome to Speed its Large-Scale Genome Analysis and Clinical Sequencing Service

PR63045

SEOUL, South Korea and SAN DIEGO, Jan. 11, 2016 /PRNewswire=KYODO JBN/ --

Macrogen (http://www.macrogen.com/eng/ ), a global leader in genome sequencing

services, and Edico Genome today announced Macrogen has chosen multiple

DRAGEN(TM) Bio-IT Processors (http://www.edicogenome.com/dragen/ ) to reinforce

its big data processing and analysis capacity for large-scale genome analysis

and clinical sequencing services. Macrogen has world-class next-generation

sequencing (NGS) facilities, which are equipped with Illumina's HiSeq(TM) X

Ten, HiSeq 2000, HiSeq 2500, HiSeq 4000 and MiSeq(R) sequencing systems; Thermo

Fisher's Ion PGM(TM)and Ion Proton(TM)systems; Roche's GS-FLX system; and

PacBio instruments. Macrogen's IT infrastructure capacity exceeds 11 petabytes

of storage and more than 3,000 core clusters. Using DRAGEN, Macrogen was able

to analyze each genome (30x coverage) produced by their HiSeq X Ten sequencing

system in only 26 minutes, while maintaining high sensitivity and specificity.

This analysis included conversion from BCL, the file that is delivered by the

sequencing instrument, to variant call format (VCF).

Logo - http://photos.prnewswire.com/prnh/20140716/127788

Macrogen provides various genome analysis services, including HiSeq X Ten

platform-based, large-scale whole-human genome sequencing service, also known

as X-Genome (Xpressway to Genome). Macrogen Corp (USA), a subsidiary of

Macrogen, now provides clinical sequencing-based healthcare services for

physicians and patients through its CLIA-certified Clinical Laboratory.

Furthermore, Macrogen is planning to launch a healthcare information and

contents business using the genomic big data obtained from the Asian Genome

Project and its global genome networks.

"While we have the capacity to generate over 500 gigabytes of NGS data per day

with our range of NGS platforms, speeding up analysis of this big data allows

us to operate our NGS facilities at maximum capacity and further increase our

customer's satisfaction," said Dr. Jeong-Sun Seo, chairman and founder of

Macrogen. "After evaluating several data analysis options, we found DRAGEN's

ability to provide enormous time savings, while simultaneously reducing

infrastructure costs and maintaining high accuracy, to be the best solution to

offer our customers in their efforts to advance personalized medicine and

genomic research."

DRAGEN is the world's first processor designed to analyze NGS data. The

processor is integrated on a PCIe card and available in a pre-configured

server, enabling seamless integration into bioinformatics workflows.

"As one of the largest sequencing centers in the world and the first commercial

organization to offer the $1,000 genome, Macrogen is a true leader in genomics

and continues to provide the most cutting-edge technologies to their

customers," said Pieter van Rooyen (https://www.youtube.com/watch?v=aAUzg5Hzigw

), Ph.D., CEO of Edico Genome. "DRAGEN is designed to process big data

generated by high-throughput sequencing instruments quickly, cost effectively

and accurately, and we look forward to working with Macrogen to implement

DRAGEN across multiple sites and offer the benefits of our Bio-IT Processor to

their 17,000 customers around the world."

DRAGEN recently enabled the record-breaking 26 hour-diagnosis of critically ill

newborns using whole genome sequencing while achieving a sensitivity and

specificity of 99.5 percent, with results published in Genome Medicine

(http://www.genomemedicine.com/content/7/1/100 ). Since then, DRAGEN's Genome

Pipeline has been further accelerated to analyze a whole genome, from BCL to

variant call format, in only 26 minutes.

DRAGEN is highly reconfigurable, using a field-programmable gate array (FPGA)

to provide hardware-accelerated implementations of genome pipeline algorithms,

such as BCL conversion, compression, mapping, alignment, sorting, duplicate

marking and haplotype variant calling. The flexible DRAGEN platform allows

Edico to develop custom algorithms as well as refine and improve existing

pipelines. Updated versions are made available for customers through simple

remote downloads.  

About Macrogen

Macrogen, Inc. (http://www.macrogen.com), based in Seoul, Korea, is a world

leading service provider in high-quality gene analysis and has enjoyed stable

and steady growth since 1997. The company's diverse offerings include DNA

sequencing, next-generation sequencing, microarray analysis, oligonucleotide

synthesis, and genetically engineered mice services. In addition, Macrogen has

been expanding its business scope into other areas such as molecular

diagnostics and consumer genomics. With a global presence, Macrogen operates

through U.S. subsidiaries in Rockville, New York, and Cambridge; in the

Netherlands in Europe; and in Tokyo, Japan. Macrogen is listed on the Korea

Securities Dealers Automated Quotation (ticker symbol: A038290).

About Edico Genome

Edico Genome has created the world's first bioinformatics processor designed to

analyze next-generation sequencing data, DRAGEN (TM)

(http://www.edicogenome.com/dragen/dragen-bio-it-platform/ ). The use of

next-generation sequencing is growing at an unprecedented pace, creating a need

for a technology that can process this big data rapidly and accurately. Edico

Genome's computing platform has been shown to speed whole genome data analysis

from hours to minutes, while maintaining high accuracy and reducing costs,

enabling clinicians and researchers to reveal answers more quickly. For more

information, visit www.EdicoGenome.com or follow @EdicoGenome.

SOURCE Edico Genome

CONTACT: JinSoo Yang, Macrogen, General Manager of Corporate Communication,

+82-2-2113-7034, jasonyang@macrogen.com, Gavin Stone, Edico Genome, Vice

President of Marketing, (858) 699-1212, gavins@edicogenome.com, Monica May for

Edico Genome, Canale Communications, (619) 849-5383, monica@canalecomm.com

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